ความปลอดภัยของเอกสารอิเล็กทรอนิกส์เป็นสิ่งที่สำคัญต่อกระบวนการจัดการเอกสารอิเล็กทรอนิกส์ ซึ่งซอฟต์แวร์จัดการเอกสารอิเล็กทรอนิกส์จะต้องสามารถจัดการได้ ประกอบด้วย
1) การรักษาความลับ (Confidentiality) ไม่ให้ผู้ไม่มีอำนาจสามารถเข้าถึงเอกสารอิเล็กทรอนิกส์นั้น ๆ ได้ วิธีการรักษาความลับ ส่วนใหญ่จะใช้วิธีการเข้ารหัส โดยหน่วยงานจะต้องมีการกำหนดนโยบายหรือระเบียบข้อบังคับ ในการรักษาความลับของเอกสารอิเล็กทรอนิกส์ มีข้อพึงระวังสำหรับการใช้เวิร์ดโปรเซสเซอร์รุ่นใหม่ จะมีความสามารถในการติดต่อกับเซิฟเวอร์ของผู้ผลิตซอฟต์แวร์ ซึ่งอาจจะมีการ รับ-ส่ง ข้อมูลโดยที่ผู้ใช้ไม่สามารถทราบได้
2) ความถูกต้องสมบูรณ์ (Integrity) ครบถ้วนของเอกสารอิเล็กทรอนิกส์ ตัวเอกสารอิเล็กทรอนิกส์จะต้อง ไม่ขาดหาย ไม่ถูกแก้ไข และต้องมั่นใจได้ว่าเอกสารฉบับที่ส่งไปถึงผู้รับหรือจัดเก็บไว้ เป็นฉบับจริงที่ไม่มีการแก้ไขหรือเปลี่ยนแปลงใด ๆ หรือแม้แต่ส่วนหนึ่งส่วนใดของเอกสาร
3) ความพร้อมใช้งาน (Availability) เอกสารอิเล็กทรอนิกส์ ต้องสามารถเรียกใช้งานได้ตลอดเวลาที่ต้องการ ดังนั้นจึงต้องมีวิธีการป้องกันการสูญหายจากการที่ระบบล้มเหลว การได้รับความเสียหายทางกายภาพ จากภัยพิบัติ เช่น ไฟไหม้ น้ำท่วม
4) การพิสูจน์ตัวตน (Authenticity) ว่าเป็นเอกสารฉบับจริง ไม่ใช่เอกสารอิเล็กทรอนิกส์ ที่ถูก คัดลอก ปลอม แปลง ซึ่งอาจจะกระทำด้วยการใช้ลายมือชื่ออิเล็กทรอนิกส์หรือระบบติดตามเอกสาร หรือระบบอื่น ๆ ที่เหมาะสม (การจัดการเอกสารอิเลคทรอนิกส์: พ.อ.สุทธิศักดิ์ สลักคำ)
